El GAIA impulsó desde 1999 la alianza entre comunidades de la cuenca Huatulco-Copalita, desencadenando un proceso de gestión regional que actualmente se denomina Sistema Comunitario para la Biodiversidad SICOBI, una estructura que articula las políticas de ordenamiento territorial de cinco comunidades. Las líneas que marcan estos planes de ordenamiento, ubican la labor de GAIA como asesor del proceso bajo los siguientes programas