El Grupo Autónomo para la Investigación Ambiental, A.C. inició su labor en 1994 buscando colaborar con iniciativas comunitarias de conservación y manejo de recursos naturales en la porción este de la Costa de Oaxaca, una región interesante, por la presencia de una franja importante de selvas (caducifolias, subcaducifolias, y subperennifolias), y por la gran sinergia socioeconómica y cultural que esta región representa para el estado. El Grupo se va conformando en este escenario, en donde bajo el régimen de tenencia social, se reconoce que existe un territorio, un gobierno y una cultura propios, que van determinando la historia de uso y manejo del territorio agrario y sus recursos. Prácticamente, en los últimos cinco años se ha consolidado la estrategia del GAIA, hacia la búsqueda de formas que permitan fortalecer las capacidades de gestión ambiental de las comunidades y consoliden oportunidades viables para el resguardo de los recursos naturales, básicos para el desarrollo sostenido.

El trabajo más intenso, que de hecho permitió dar solidez a la organización, inició en 1997, en la comunidad agraria de Santa María Huatulco. La maduración del proceso y el involucramiento de otras comunidades, permitieron abrir la discusión sobre el control interno del territorio dentro de un espacio regional. A partir del año 2000, se logró establecer una agenda de trabajo con cuatro comunidades más y después de un año las comunidades agrarias de San Miguel del Puerto, La Merced del Potrero, Benito Juárez, Santa María Xadani y Santa María Huatulco, conformaron el Sistema Comunitario para la Biodiversidad (SICOBI); una estructura de gestión ambiental comunitaria que se ubica dentro del importante sistema de cuencas Huatulco-Copalita-Zimatán que abastece áreas turísticas, cafetaleras y agroforestales. Actualmente, los esfuerzos del GAIA se dirigen hacia su consolidación como asesor, sistematizador y evaluador de los procesos de manejo territorial que esta desencadenando el SICOBI a nivel de cuenca hidrológica.